MetalGear
La révolte d'Outer Heaven
MetalGear2:Solid Snake
L'émeute de Zanzibar
En 1999, le Dr Kio Marv., inventeur du microbe d'épuration du pétrole, OILIX, est retenu es otage par Zanzibar, une nation d'Asie centrale fortement armée et dirige par un groupe de minorité ethnique. Zanzibar voulait gagner l'hégémonie politique et militaire sur un monde souffrant d'une crise d'énergie mondiale. Roy Campbell, commandant de FOXHOUND, fait appel a Solid Snake, qui s'est maintenant retire, pour retourner a la lourde tache d'infiltrer Zanzibar et de récupérer le professeur.
Solid Snake réussit a passer l'impressionnant mur de métal de Zanzibar et a pénétrer dans sa base secrète. Las bas, il détruis une nouvelle fois MetalGear, qui avait été reconstruit après avoir été transporté d'Outer Heaven après la défaite de Gray Fox, membre officiel de FOXHOUND et maintenant leader du camp de mercenaires de Zanzibar. Son opération de rétablir le processus de fabrication d'OILIX a également réussi. Mais finalement, il finis par se retrouver face au commandant suprême de Zanzibar, Big Boss lui même!
Il avait survécu a la bataille de Outer Heaven et crée Zanzibar afin de créer un monde ou régnerait conflits et guerre, un monde ou les soldats comme lui aurait leur place. Apres avoir vaincu pour la seconde et dernière fois Big Boss, Snake se retira dans l'Alaska, abandonnant la guerre.